در اوایل عصر ایلخانی شهر تبریز پایتخت ایران میشود و با توجه به واقع شدن در مسیر راههای بازرگانی در کنار دروازهها و بازارها، کاروانسرا و حمام شکل گرفتند. همچنین تعدادی مزار به صورت منفرد یا مجموعه ساخته شد که آن را میتوان مقدمهای بر گسترش و احداث مزارها دانست.
با مرگ غازان خان و به قدرت رسیدن الجایتو در عصر ایلخانی، پایتخت به سلطانیه منتقل شد و در انتهای این دوره بقعه سید با موقوفاتی از قبیل حمام، مسجد، مدرسه و دکانها در سال ۷۱۴ هجری قمری در محله سرخاب تبریز بنا شد.
در راستای اقدامات طرح توسعه مجموعهی سیدحمزه، در زمان شاه سلیمان صفوی، مدرسه ظهیریه در سال ۱۰۸۹ هجریقمری بنا شد. در واقع با توجه به توسعه نقش عملکردی بقعه سید حمزه، مجموعههای مدرسه و مسجد به آن اضافه شدند و این توسعه تا دوره قاجار نیز ادامه داشته است.
مسجد سید حمزه (ظهیریه) تبریز مسجدی بدون ستون است. این بنای مستطیل با گنبدی بزرگ به قطر هشت متر و دو گنبد کوچکتر در جهت شمالی و جنوبی و همچنین توسط دو طاق مسقف در طرفین ساخته شده است. چندین ایوان و اتاق در اطراف گنبد مسجد واقع شده است.
اصلیترین فضای مسجد سید حمزه یک گنبدخانەی مركزی است و سایر قسمتها به آن الحاق شدهاند. در واقع گنبدخانه مرکزی با یک ایوان در مقابل آن رو به سمت حیاط قرار گرفته است. همچنین این الگو در بقعه سید حمزه نیز بهکار رفته است که در جبهه غربی مسجد قرار گرفته است.
گنبدخانهی مسجد سید حمزه کاملا منطبق با جهت قبله بوده و نورگیری مسجد از فضای زیر گنبد است. بسیاری از محققان ازجمله گدار و پیرنیا مساجد گنبدخانهای را تغییر شکلیافتەی آتشکدههای دوران ساسانی میدانند. آتشکدههای عصر ساسانی ترکیبی از یک حیات وسیع با محل آتشدان (چهارطاقی) است که بعد از اسلام هنگام ساختن مسجد ، این طرح انتخاب شد.
این انتخاب بر مبنای هماهنگی آیینی صورت گرفت، بهصورتیکه آیین جدید نیازمند فضای درخور بود و با توجه به اینکه محور اصلی آتشکدهها منطبق با جهت قبله بوده، یک جبهەی آتشکده تبدیل به محراب شد و مساجد گنبدخانهای شکل گرفت. البته با گذشت زمان فضاهای آیینمدار در کنار فضاهای اصلی به فراخور احتیاج توسعه یافت.