ایلخانان مغول پس از آنکه مراغه و سپس تبریز را به پایتختی انتخاب کردند و منطقهی سلطانیه محل استراحت و شکار آنها بوده است و به شکارگاه شاهین شهرت داشت. بعد از مدتی شهر تاریخی سلطانیه به عنوان سومین پایتخت ایلخانان ساخته شد و یکی از مهم ترین کانون های سیاسی و اقتصادی زمان خود بود.
مهمترین بنای شهر سلطانیه به نام ارگ سلطانیه ساخته در دوران الجایتو شد. اما در اواخر قرن هشتم هجری قمری، به شهر سلطانیه آسیبهای زیادی وارد آمد. در دورۀ صفویان، این شهر به ییلاق پادشاهان تبدیل شد. پس از آن نیز در زمان قاجار، فتحعلیشاه نیز شهر سلطانیه به شکارگاه او تبدیل بود.
شهر سلطانیه و بنای گنبد سلطانیه که پیش از آن نیز از آسیبهای جنگهای پیشین در امان نمانده بود، در جنگهای ایران و روس آسیب بسیار دید. گنبد سلطانیه در جنگ با روسها برای اصطبل و انبار آذوقهی چهارپایان مورد استفاده قرار میگرفت. در قرن حاضر نیز، احداث خانههایی در جوار این بنا آسیبهای فراوانی به آن رساند.
روایت تصاویر و افراد از گنبدسلطانیه نشان میدهد که در ابتدای قرن هشتم هجری قمری ساخته شدهاست و تنها اثری است که از بافت اصلی شهر سلطانیهی به جای مانده است. این گنبد با عنوان «گنبد معروف شاهخدابنده» معرفی شده است.
آدام اولئاریوس جهانگرد آلمانی آنرا زیباترین عمارت سلطانیه نام نهاده که دارای سه درب بوده و بزرگترین درب آن روبهروی میدان اصلی شهر بوده است. اولئاریوس به هشت منار کوچک مانند ستون برروی این عمارت اشاره کرده است که در مینیاتور مطراقچی تعداد هشت منار گنبد سلطانیه به وضوح دیده میشود.
این بنا یکی از مهمترین و عظیمترین بناهای آرامگاهی در معماری اسلامی است که با تکیه بر میراث گنبدخانههای آجری در معماری سلجوقی و با بهرهگیری از راهحلهای نوین سازهای توانستند بزرگترین گنبد آجری در عصر خود را با دهانۀ نزدیک به ۲۶ متر و ارتفاعی نزدیک به ۴۷ متر و با سرعت در طی ۱۰ سال برپا کنند.
در واقع نقش گنبد سلطانیه بهعنوان نقطۀ عطفی در شکلدهی به هندسه و ساماندهیفضایی شهر سلطانیه قابل اشاره است. اهمیت نقش این آرامگاه نیز به عنوان نظمدهنده و لزوم ارتباط آن با سایر فضاهای ارگ حکومتی عامل سامان یافتن معابر و میادین و ساختار کلی شهر شد.